蛋白分离系统主要包括蛋白分离器、蛋白分离泵、文丘里射流器和文丘里泵。主要利用气水界面的吸附作用,水中的有机物吸附于气泡上,经过一个柱状筒往上推升而被排出,使水中不溶性的蛋白质、氨基酸、脂肪酸、碳水化合物、酶类、有机碎屑、藻类物质、无机化合物、原生动物等等被除去。蛋白分离系统正常的运行,保证了水生物适合生存的环境。